Die frühesten Aufzeichnungen vom Destillieren von Alkohol finden sich in Italien im 13. Jahrhundert wieder, in denen dokumentiert ist wie Alkohol aus Wein hergestellt wurde. Bis heute steht nicht fest, ob Schottland oder Irland das Ursprungsland des Whiskys ist. Einer Legende nach waren die Kelten die ersten, die eine wasserklare Flüssigkeit destillierten – das aqua vitae.
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Die erste schriftliche Erwähnung gibt es aus dem Jahr 1405, indem bestätigt wird das Whisky aus Irland stammt. In Schottland kommt der erste Beweis der Whisky Produktion aus einem Eintrag in der Exchequer Rolls 1494, wo Malz von Mönch John Cor aus dem Kloster Lindores gekauft wird um Whiskey herzustellen. Der Destillationsprozess war damals noch in den Kinderschuhen, den Whisky ließ man damals nicht altern und als Ergebnis schmeckte er sehr roh und brutal im Vergleich zum heutigen Whisky. Mit der Zeit entwickelte sich ein viel glatterer Whisky. Es entstand eine große Anzahl an privaten Destillerien, jeder schottische Klan produzierte seinen eigenen Whisky für den Eigengebrauch.
Die älteste Lizenz aus dem Jahr 1608, um offiziell Irish Whiskey zu destillieren, hat die Old Bushmills Distillery in Nordirland, sie ist die älteste lizenzierte Whisky-Brennerei der Welt. Jedoch wurde Old Bushmills erst 1784 gegründet. Die ältesten heute bestehenden lizenzierten Brennereien sind in Irland Kilbeggan (1757), in Schottland Glenturret (1775) und Bowmore (1779).
Nach der Besiedlung Amerikas durch Briten und Iren wurde auch dort versucht, Whisky aus Getreide herzustellen. Da Gerste nur sehr schlecht wuchs wurde der Whiskey aus Roggen und Weizen hergestellt. Die ältesten Brennereien entstanden in Maryland, Pennsylvania und Virginia.
Im Jahre 1707 verschmolzen England und Schottland, wodurch die Steuern stiegen. Das Whisky brennen wurde verboten, es sei denn man erwarb eine staatliche Lizenz. Viele Whisky Brennereien mussten schließen oder illegal produzieren. Whisky wurde meist in der Nacht gebrandt, wenn die Dunkelheit den Rauch aus den Standbildern verbarg, wodurch er auch den Namen Moonshine erhielt.
1823 wurde ein neuer Act of Excise beschlossen, der das Brennen von Whisky gegen eine Gebühr von 10 Pfund plus einem festen Steuerbetrag pro Gallone Whisky gestattete. Zudem wurde die Mindestgröße für die Brennblase festgelegt. George Smith war der Erste, der nach der neuen Gesetzgebung seine Brennerei Glenlivet baute.
Durch das neue Recht lohnte sich die legale Produktion von Whisky, innerhalb von zehn Jahren verschwanden tausende illegale Brennereien in Schottland und Irland.
Auch in Amerika wurde Whiskey besteuert: 1794 erließ George Washington, der selbst eine Brennerei betrieb, eine Steuer auf Whiskey, da der Finanzbedarf des jungen Staates nach dem Ende des Unabhängigkeitskrieges sehr hoch war.
Während der Prohibition in den USA von 1920 bis 1933 wurden der Verkauf von Alkohol in dem Land verboten. Eine Ausnahme war Whisky der von einem Arzt zum Heilen verschrieben wurde. Durch die amerikanische Prohibition mussten die meisten kleinen Brennereien in Amerika schließen. Auch in Schottland führte dies zur Schließung vieler Brennereien.
Das Trinken von Scotch Whisky wurde in Indien im neunzehnten Jahrhundert eingeführt. Die erste Brennerei in Indien wurde von Edward Dyer in Kasauli in den späten 1820er Jahren gebaut.
Mit der Zeit entwickelten die Whisky Brennereien neue Verfahren zum Beispiel mit der Coffey still, wodurch ein reinerer Whisky entstand, dieses Verfahren wurde in Schottland durchgeführt. Zudem wurde 1856 der erste Blended Whisky hergestellt.